Berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No 11 Tahun 2022 menjelaskan bahwa susunan organisasi Balai Pendidikan dan Pelatihan terdiri atas:
Kepala;
Subbagian Tata Usaha;
Kelompok Jabatan Fungsional.
Struktur Lembaga Diklat Keagamaan berdasarkan PMA 11 tahun 2022